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西湖大學(xué)冷凍電鏡解析新冠病毒細胞受體結(jié)構(gòu):“開關(guān)”雙構(gòu)象
來源:澎湃新聞  作者:  發(fā)布時間:2020-02-19 17:32:29

人體細胞上相應(yīng)的受體蛋白好比是一把“鎖”,病毒要想進入人體細胞,得有相應(yīng)的“鑰匙”才能打開。新冠病毒的“鑰匙”是其S蛋白,而ACE2則是病毒入侵的“鎖”。

  通過解析生物結(jié)構(gòu)可以了解病毒細胞是如何與人類受體結(jié)合,進而入侵人體的。當?shù)貢r間2月18日,生命科學(xué)預(yù)印本平臺bioRxiv發(fā)表了西湖大學(xué)周強實驗室的研究成果“Structure of dimeric full-length human ACE2in complex with B0AT1”,該團隊利用冷凍電鏡技術(shù)成功解析此次新冠病毒的受體——ACE2(血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2)的全長結(jié)構(gòu)。據(jù)悉,這是世界上首次解析出ACE2的全長結(jié)構(gòu)。

  此文的第一作者為西湖大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院博士后鄢仁鴻,通訊作者為西湖大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院研究員周強。論文的第一單位和通訊單位均為西湖大學(xué)浙江省結(jié)構(gòu)生物學(xué)研究重點實驗室,該實驗室于2019年獲批成立,中科院院士施一公擔任實驗室主任。

  研究團隊發(fā)現(xiàn),該復(fù)合物以二聚體形式存在,隨著ACE2的肽酶結(jié)構(gòu)域(PDs)轉(zhuǎn)移而呈現(xiàn)出“開放(open)”和“關(guān)閉(closed)”兩種構(gòu)象。

  結(jié)構(gòu)建模表明,該ACE2-B0AT1復(fù)合物可以同時結(jié)合兩個S蛋白,這為冠狀病毒結(jié)構(gòu)的進一步識別和感染人體的分子基礎(chǔ)提供了重要線索。

  清華大學(xué)全球健康與傳染病研究中心主任張林琦教授認為,總體而言,ACE2全長結(jié)構(gòu)的解析,將有助于理解冠狀病毒進入靶細胞的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)和功能特征,對發(fā)現(xiàn)和優(yōu)化阻斷進入細胞的抑制劑有重要作用。

  關(guān)于病毒的“鑰匙”——S蛋白的最新研究來自美國。美國國立衛(wèi)生研究院(NIH)疫苗研究中心與得克薩斯大學(xué)奧斯汀分校分子生物科學(xué)學(xué)院合作,對新型冠狀病毒的S蛋白進行了近原子結(jié)構(gòu)分析,同時認為,新冠病毒的S蛋白結(jié)合人體ACE2的親和力要遠高于嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒(SARS-CoV)的S蛋白,這可能是新冠病毒感染性強的原因。

  ACE2到底在細胞膜上是以什么狀態(tài)存在?新冠病毒對比SARS病毒與ACE2結(jié)合有何異同?

  由于作為膜蛋白的ACE2本身很難在體外穩(wěn)定獲得,研究團隊通過共同表達的方法獲得了ACE2與腸道內(nèi)的一種氨基酸轉(zhuǎn)運蛋白B0AT1的復(fù)合物,并利用西湖大學(xué)的冷凍電鏡平臺解析了其三維結(jié)構(gòu)。

  受體ACE2-B0AT1復(fù)合物:呈現(xiàn)開放和關(guān)閉兩種構(gòu)象

  盡管ACE2(宿主細胞受體血管緊張素轉(zhuǎn)化酶2)因被冠狀病毒“劫持”而為公眾所知,但正如其名,ACE2的主要生理作用是促進血管緊張素的成熟,血管緊張素是一種控制血管收縮和血壓的肽激素。

  ACE2是一種I型膜蛋白,主要位于肺、心臟、腎臟和腸中,其表達水平與心血管疾病有關(guān)。新冠病毒感染后,人體內(nèi)ACE2水平下降甚至缺失,是導(dǎo)致發(fā)生肺損傷和肺衰竭的關(guān)鍵因素之一。

  ACE2-B0AT1 復(fù)合物的冷凍電鏡密度圖

  ACE2-B0AT1復(fù)合物的原子模型展示,糖基化部分顯示為棒,復(fù)合物由亞基著色,ACE2前體中的蛋白酶結(jié)構(gòu)域(PD)和Collectrin樣結(jié)構(gòu)域(CLD)分別為青色和藍色

  全長ACE2由一個N末端肽酶結(jié)構(gòu)域(PD)和一個C末端Collectrin樣結(jié)構(gòu)域(CLD)組成,CLD末尾包含單個跨膜螺旋和一個有約40個殘基的細胞內(nèi)節(jié)段

  ACE2中的PD負責裂解血管緊張素(Ang)I產(chǎn)生Ang-(1-9),然后被其他酶加工成為Ang-(1-7)。同時,根據(jù)此前的研究,爪狀A(yù)CE2-PD的晶體結(jié)構(gòu)還提供了冠狀病毒S蛋白的直接結(jié)合位點。對于冠狀病毒細胞的結(jié)合而言,除PD之外,其余ACE2在結(jié)構(gòu)上均不可用。

  研究團隊從418140個選定的粒子中以2.9?的總分辨率進行了3D重建,該復(fù)合物以異二聚體的二聚體形式存在。團隊從同一數(shù)據(jù)集中提取了ACE2同型二聚體中PD的兩個構(gòu)型,即開放和關(guān)閉。

  復(fù)合物“開放(open)”和“關(guān)閉(closed)”兩種構(gòu)象

  結(jié)構(gòu)比較表明,兩種構(gòu)象的變化僅通過PD結(jié)構(gòu)域的旋轉(zhuǎn)而實現(xiàn),其余復(fù)合物幾乎保持不變。

  復(fù)合物可以同時結(jié)合兩個病毒S蛋白

  研究發(fā)現(xiàn),無論是在開放還是關(guān)閉狀態(tài)下,S蛋白都位于ACE2二聚體的外側(cè)。

  因此,二聚體ACE2可同時容納兩個S蛋白三聚體。該結(jié)果表明,可能存在二聚體ACE2和三聚體S蛋白之間的潛在聚集,這可能對膜的內(nèi)陷和病毒顆粒的內(nèi)吞作用很重要,這一過程類似于其他受體介導(dǎo)的內(nèi)吞作用。

  在病毒感染過程中,糖基化起著重要作用。它使病毒粒子具有高度糖基化的表面 ,幫助它們免受人體免疫細胞識別和攻擊。研究團隊發(fā)現(xiàn),在ACE2-PD的表面上觀察到了更多的糖基化位點(此前的研究觀察到2個),這是由于該研究的蛋白質(zhì)ACE2是在哺乳動物細胞中取得的,而此前的研究則從桿狀病毒感染的昆蟲細胞中獲得。

  ACE2中的糖基化位點,紅色球形為在本研究中發(fā)現(xiàn)的

  在ACE2-B0AT1復(fù)合物的結(jié)構(gòu)中,一共鑒定出7個糖基化位點,其中2個與以前的報告相同。

  這些糖基化位點中,3個位于RBD(受體結(jié)合域)結(jié)合位點附近。此前的研究觀察到Asn90和Asn322兩個糖基化位點,而Asn53在本研究中被發(fā)現(xiàn)。

  研究表明,氯喹可以干擾ACE2的末端糖基化,可以抑制SARS-CoV感染。同時,這些糖基化的部分是否直接參與病毒S蛋白與ACE2的結(jié)合尚待證實。

  氯喹治療新冠肺炎的療效也在近日的國務(wù)院聯(lián)防聯(lián)控機制新聞發(fā)布會上被提及。2月17日,科技部生物中心副主任孫燕榮在發(fā)布會上稱,相關(guān)專家組一致認為,可以明確已在臨床上用了70多年的抗瘧藥磷酸氯喹治療新冠肺炎具有一定療效。

  剖析2019-nCoV感染機制的重要框架

  作者們在論文最后寫道,此次發(fā)表的結(jié)構(gòu)揭示了二聚體組裝中全長ACE2的高分辨率結(jié)構(gòu),同時建模分析表明,冠狀病毒的兩個S蛋白三聚體同時與ACE2二聚體結(jié)合。這提醒我們病毒細胞入侵聚集發(fā)生,可能有助于內(nèi)吞作用的膜內(nèi)陷。

  研究團隊認為,需要進一步的研究與表征來檢驗ACE2與病毒顆粒之間的相互作用,以及輔助因子如BOAT1和整聯(lián)蛋白對該過程的影響。此次研究是剖析2019-nCoV感染機制的重要框架,并可能促進潛在臨床治療的發(fā)展。

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